Setiap negara anggota memiliki bagian depan pantai adalah untuk wilayah laut sendiri, menunjuk pada akhir tahun 2008, jaringan koheren dan cukup habitat alam dan spesies bunga hadir Masyarakat di daerah maritim sebelum pertengahan 2008 .
Untuk membantu mereka, Komisi Eropa menerbitkan sebuah "panduan untuk melaksanakan Natura 2000 di laut" 4 menyatakan:
aspek hukum dan politik (Framework Directive air, kebijakan maritim, regional dan konvensi internasional ...)
definisi dan identifikasi (oleh negara) dari habitat dan spesies penting Eropa;
unsur-unsur untuk mencari, ladangjiwa mengevaluasi dan memilih situs;
langkah-langkah manajemen untuk disampaikan, dan hubungan dengan masyarakat perikanan kebijakan.
The HELCOM, OSPAR, dan Trilateral Waddensea berhubungan dengan beberapa langkah sebagai pengamat atau usulan kekuatan, dan berbagai LSM (Greenpeace, WWF). Organisasi-organisasi ini juga terlibat dalam diskusi untuk transisi ke praktek penangkapan ikan yang lebih berkelanjutan termasuk pada pembatasan kerusakan trawl bawah (kekeruhan, degradasi habitat bentik, menangkap ...), metode penangkapan ikan alternatif, cara untuk mengurangi tangkapan insidental burung laut dan cetacea (lumba khususnya), dengan direktif Eropa yang membutuhkan penggunaan pingers (repulsor cetacean) di beberapa perikanan. Dampak tangguhan dalam ruang dan waktu ekstraksi bawah air pasir dan kerikil juga sedang dibahas, serta dampak dari polusi suara bawah air, dan di mana-mana sampah di laut.
